Die Flagge der Stadt Karkul orientiert sich an der pelagonischen Flagge. Sie hat ein Seitenverhältnis von 3:5. Goldgelbes Flaggentuch (#ffd700), mittiger dunkelblauer Streifen (#1e3a8a) in 1/6 Höhe. Die Farben stammen aus dem Wappen der Stadt. Die Flagge steht für die geographische Nähe zu Pelagonien im Südosten Isterans und die relativ große pelagonisch-orthodoxe Minderheit.
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